南方澳地近黑潮与亲潮的交会处，洋流带来大批鱼群，冬季大批鲨鱼、旗鱼前来，夏季盛产鲔鱼，而全年都有的鲭鱼更堪称南方澳的象征，丰富的渔产，使南方澳成为东岸最大渔港。在所有的鱼菜中，又以鱼翅、旗鱼肚、蜇肠等料理最为特殊有名。鱼翅是取鲨鱼鳍中心软骨两侧的梳子状筋条，所晒成的干制品，无骨无刺，咬嚼口感独特，不论是烧、烩、煨、焖，风味皆佳；俗称丁挽肚的旗鱼肚则是很好的下酒菜，它的特色主要在“脆”，可与九层塔、芹菜合炒，或是烟熏切片下酒，香脆十足。海蜇鱼（翻车鱼）的蜇肠脆度更胜旗鱼，它的口味甜脆，味道稀奇，有“龙肠”之称，被公认为高级海味之一。因为地利之便，南方澳渔港的渔港路上，海鲜餐厅云集，形成一条颇具特色的临港海产街。在此，除可吃到各式鲜美可口的当令海鲜，游客亦可自行于渔市选购鱼货，再请餐厅代为料理，享受一顿渔港风光的海鲜大餐。